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ストーリー3章から、それまで出現した獣の名前に「強」が付き、ステータスが向上し新たな攻撃パターンが増えた強力な獣になります。入手できる素材もグレードアップしており、さらに強力な武器や防具が作成できるようになります。
一度クリアするとクエストは消滅しますが、全ての澱み深き獣を倒すと再挑戦できるようになります。
| 巨獣 | 樹  | 火  | 水  | 風  | 土  |
| アラガネ | 2 | 3 | 2 | - | 3 |
| アマテラス | 2 | 3 | 2 | 4 | 2 |
| アマツヲロチ | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| アマツヒト | - | - | - | - | - |
| オニトサカ | 3 | 3 | 2 | - | 3 |
| カサヤドシ | 2 | 4 | 1 | 3 | 2 |
| カバネアラシ | 4 | - | 2 | 4 | - |
| シロマトイ | 3 | 3 | - | - | 4 |
| スナツヅミ | 4 | 2 | 3 | 5 | 2 |
| クニナラシ | 1 | 3 | 1 | 5 | - |
| クロマトイ | 3 | 2 | 3 | 1 | 4 |
| コハクヌシ | 2 | 4 | 2 | 2 | 3 |
| ジゴクザル | 1 | - | 3 | 1 | 1 |
| ジナリアラシ | 4 | - | 2 | 4 | - |
| ジョウドザル | 1 | - | 3 | 1 | 1 |
| ツノバシリ | 4 | 4 | 2 | 3 | 2 |
| ハナヤドシ | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 |
| ヒメトサカ | 3 | 4 | 3 | 2 | 3 |
| ヒガンバシリ | 4 | 4 | 2 | 3 | 2 |
| ヤマウガチ | 2 | 4 | - | 3 | 3 |
| ラセツ | 1 | 3 | 1 | 2 | 2 |
| 巨獣 | 斬撃  | 打撃  | 刺突  |
| アラガネ | 4 | 4 | 5 |
| アマテラス | 4 | 4 | 3 |
| アマツヲロチ | 5 | 5 | 5 |
| アマツヒト | - | - | - |
| オニトサカ | 5 | 4 | 4 |
| カサヤドシ | 4 | 4 | 3 |
| カバネアラシ | 3 | 4 | 4 |
| シロマトイ | 4 | 5 | 4 |
| スナツヅミ | 5 | 4 | 5 |
| クニナラシ | 4 | 5 | 5 |
| クロマトイ | 4 | 4 | 5 |
| コハクヌシ | 5 | 4 | 4 |
| ジゴクザル | 4 | 4 | 3 |
| ジナリアラシ | 3 | 4 | 4 |
| ジョウドザル | 4 | 4 | 5 |
| ツノバシリ | 4 | 5 | 4 |
| ハナヤドシ | 4 | 4 | 3 |
| ヒガンバシリ | 4 | 5 | 4 |
| ヒメトサカ | 5 | 4 | 4 |
| ヤマウガチ | 4 | 3 | 4 |
| ラセツ | 3 | 3 | 4 |
